「早坂犀」化石的發現,可追朔至1942年,臺北帝國大學(臺灣大學的前身)地質學教授早坂一郎的發表,該文章報導了兩件來自桃園大溪的犀牛新種上顎化石(但未正式命名),並指出臺南新化左鎮菜寮溪一帶也有犀牛化石紀錄。1971年,部分犀牛牙齒化石在臺南左鎮菜寮溪畔被發現,並有推測一旁的岩層中還埋藏著同一個體的其他部位。本館獲報後組成工作團隊,在國立臺灣大學林朝棨教授的指導下,前往臺南左鎮挖出了犀牛化石的部分骨骼。1972年博物館又延聘了兩位日本的古生物學家—鹿間時夫和大塚裕之,協助進行第二次的挖掘工作。大塚裕之和林朝棨在1984年將臺南的犀牛化石並同早坂一郎教授曾報導過的桃園犀牛化石之牙齒特徵,發表新亞種Rhinoceros sinensis hayasakai(有稱「早坂中國犀」),以紀念在臺灣最早報導犀牛化石的早坂一郎教授。當年挖掘的這批犀牛的骨骼化石保存於本館。
2022年,國際團隊重新研究桃園產的犀牛化石,發現其與Rhinoceros philippinensis(有稱「菲律賓犀」)外形十分相似且獨特,更有別於其他犀牛物種,故將兩者重新分類作新屬Nesorhinus(有稱「島犀屬」),連帶桃園產的犀牛化石也被重新分類為Nesorhinus hayasakai(有稱「早坂島犀」;前稱「早坂中國犀」)。然而隨著研究工具與技術的持續演進,對桃園和臺南的地層有了更新的認知,現多認為兩地並不屬於同樣的地質時代,且1984年被引證的臺南犀牛化石實際在出土時即已因特徵磨損而難以辨識,故目前無法百分百確認臺南與桃園的犀牛化石是否為同一種。經參考國際動物命名規約的原則,桃園產的犀牛化石確實適合改稱Nesorhinus hayasakai並對應中名「早坂島犀」,臺南產的早坂犀牛則較適合維持Rhinoceros sinensis hayasakai,中名則採語意上相對寬泛「早坂犀」,並等待後續研究以揭開其身世之謎。