除此之外，本館近年開始進行典藏品數位化的工作，除了建立標本圖文資料庫外最終希望將館藏動物標本經由數位化加以多功應用，透過本館網際網路以虛擬博物館的方式介紹及呈現給社會大眾。動物學門的蒐藏原則與方向是以蒐藏臺灣本土動物標本為主，其他地區動物為輔，除了研究瞭解既有的蒐藏外，也積極透過自行研究採集與館外學者專家合作蒐集研究計畫、購買等方式，來充實館藏及研究臺灣的動物相和多樣性。在制度方面，參酌相關館所機構，積極研擬各種典藏管理規章，以建立健全及良好的典藏管理制度。此外，改善及擴充本館典藏庫房亦為近年來努力的重點，針對現有老舊的典藏庫房改善以達到恆溫恆濕的庫房環境、將放置標本的櫃架更新成新式鋼製的活動式典藏櫃架，以更有效率的收存標本。未來仍將針對各典藏庫房個別需求的項目逐步改善。除此以外，擴充新的典藏空間亦為本館努力的目標，本館雖積極爭取新的大樓，但此幢建物內並未規劃本館的典藏空間，所以如何再擴充新的典藏空間，以容納日益增加的動物標本尤其是鯨豚類標本，以及讓典藏庫房集中，以節省往返之人力和分散庫房所增加之管理經費，為未來設定的目標。